El primer paso es arrancar el la aplicación MySQL que conectará al servidor.
# mysql -u root -p
Introducimos la clave de root (si la hay, si no hay clave establecida quitaremos la opción -p) y ya tendremos acceso a la consola mysql. Esto es lo mismo para Windows que para Linux u otros sistemas.
Segundo paso, crear la base de datos, en este caso le llamaremos pepito a la base de datos y al usuario.
mysql> CREATE DATABASE pepito;
Y ya tenemos la base de datos creada.
Por ultimo paso crearemos el usuario pepito y le asignaremos todos los permisos sobre la base de datos con su nombre.
mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON pepito.* TO 'pepito'@'localhost' IDENTIFIED BY 'claveQueQuieras';
El primer pepito se refiere a la base de datos, el segundo que va unido a @ y localhost es el nombre de usuario a crear con la clave claveQueQuieras.
Ya podremos ejecutar el interprete mysql -u pepito -p claveQueQuieras y accederíamos solo con privilegios sobre la base de datos pepito.
Esto puede ser de mucha ayuda cuando no disponemos de phpMyAdmin o otros administradores de MySQL mas visuales.
Espero que os haya sido de ayuda.